《规划纲要》确定了“经济保持平稳较快发展”、“经济结构更趋优化”、“自主创新优势更加突出”、“社会建设全面加快”和“资源节约环境保护成效显著”五个方面的具体目标，提出了“自主创新、结构调整、信息化建设、改善民生、社会建设、特区一体化发展、开放合作、低碳绿色发展、体制机制改革”等九大领域的重大任务。

《规划纲要》所设立的指标体系包括调控指标和专项指标。调控指标共32项，其中预期性指标16项，约束性指标16项。约束性指标是政府对全体市民的承诺，明确了实施进度和考核责任，并逐项落实到各区(新区)和各责任部门，全力保证指标完成。

在《规划纲要》中还提出，深圳十二五期间将实施“天然气替代石油策略”，开发利用核能和可再生能源，提高非化石能源利用比例。推广绿色建筑，在新建公共建筑、市政工程实施太阳能光伏建筑一体化示范工程，推广太阳能光热应用建筑1600万平方米。到2015年，非化石能源比例提高到15%左右，新建建筑100%达到节能标准。此外，深圳还将鼓励和引导民间资本进入法律法规未明确禁止准入的行业和领域，落实促进非公有制经济发展的政策措施，保护民间投资的合法权益。